JS-paladin

Парни из WooThemes действительно огонь, но делают они не так ровно по другой причине. Они Производят и плагин и тему, соответственно зачем им включать плагин в тему, если там их и так все устраивает?

Ежели вы хотите менять по всякому, то путь именно такой копируете папку templates, и меняете всякое в ней, но и всю папку копировать не надо, а ровно те шаблоны, которые вы меняете, зачем нагружать тему лишними файлами,

у меня это устроено так

настройки выношу в отдельный файл.

По поводу остального, WooCommerce тем и крут, что его можно крутить как хочется, и именно для этого там во всю и используются фильтры и экшены.

Да и вообще использование данных возможностей, есть хороший тон при разработке к примеру, я разрабатываю всякое на собственном фреймвоке, все акшены вынесены у меня в отдельный файл, что позволяет без каких либо лишних телодвижений гнуть проект в любую сторону.

Для самих форм используйте всегда плагин contact form 7. Очень удобный, функциональный плагин, который можно настроить под любые свои нужды, включая специфичное ПО на хостинге. Я сначала сам все писал свои скрипты, но постоянные хотелки со стороны клиентов отнимало много времени. Использую плагин я сократил затраты это времени в разы. Это что касается работы форм.

Создание модальных окон (попапов) элементарная вещь для верстальщика. Если у Вас нет знаний по верстке, то обратитесь опять же к готовым плагинам, в которых кроме как кликать мышкой не нужно ничего. Их можно найти нагуглив по запросу "wordpress popup plugins". Попробуйте несколько и выберите подходящий.