IvanTRG

for i in range(len(zones)):
                    pin = i + 2  # Номер пина соответствует номеру зоны + 1
                    if i+1 in in_zones:
                        # Если объект находится в зоне, зажигаем светодиод
                        board.digital[pin].write(1)
                    else:
                        pin = i + 2
                        # Если объект не находится в зоне, гасим светодиод  <--- НАПРАСНО
                        board.digital[pin].write(0)

Косяк вот тут. Если текущий объект не находится в зоне, это не значит что никакой другой, ранее найденный объект не находится в этой зоне.
Сделай массив bool по числу зон, в начале итерации выставь все элементы в false. По ходу итерации выставляй элемент в true если в зоне найден человек.
В конце итерации выставляй светодиоды по элементам массива.

Вот так работают.

>>> for i in range(4):
...         x = (i % 2)
...         y = (i // 2)
...         print("i=", i, " x=", x, " y=",y)
...
i= 0  x= 0  y= 0
i= 1  x= 1  y= 0
i= 2  x= 0  y= 1
i= 3  x= 1  y= 1

Verilog + любой удобный текстовый редактор + синтезатор для собственно схемы + ещё симулятор хотелось бы

Например VSCode с соответствующим расширением + Icarus verilog + quartus