wp_enqueue_script('main-js', get_template_directory_uri() . 'js/script.js', array("jquery"), '1.0.0', true);
Причем вирус прошел по всем остальным сайтам и базам данных, лежащим рядом., а с чего вы взяли что именно этот сайт стал разносчиком? Потому что если вы не скачивали платные плагины, то даже и не знаю откуда там взяться вирусам.