Имеет смысл, если у вас потом документация собирается автоматом, как например делают JSDoc, JavaDoc, PhpDoc и т.п. Если же нет, то проще и удобнее сделать отдельную Wiki-страницу с описанием API.
Полученный токен следует передавать в заголовке Authorization при каждом вызове API Диска, указывая тип токена перед его значением. Пример такого заголовка:
Authorization: OAuth 0c4181a7c2cf4521964a72ff57a34a07
