Чтобы слить две ветки всегда требуется мёрж
show index rt settings;
действительно не выводит wordforms.ALTER RTINDEX rt RECONFIGURE;
и конфиг появился.searchd --stop
pkill searchd
indexer -c sphinx.conf rt
и в моём случае indexer -c sphinx.conf tsv_test
searchd -c /etc/sphinx/sphinx.conf
show index rt settings;