Это слишком жесткий хак.
schema.findOneAndDelete( { $or: [ { someField: [ 'ab', 'cd' ] }, { someField: [ 'cd', 'ab' ] } ] })
даже при таком варианте, вы не можете гарантировать что удалится именно тот массив который вы искали. Как не подходи, к этой проблеме. При любом раскладе, мы можем удалить не ту информацию.