Пакеты, установленные внутри virtualenv, доступны только при активации virtualenv. За пределами их, по умолчанию, нет. Запуск интерпретатора вне virtualenv обращается за пакетами в глобальные системные директории, а не в virtualenv.
gunicorn нужно установить через pip внутри virtualenv и вызывать его из virtualenv/bin/
docs.gunicorn.org/en/stable/deploy.html#using-virt... 
