Headache

1. Определяемся с тем, что от нас хотят. Требования можно представить в виде такого псевдокода :)

повторять всегда {
   сообщение = прочитать();
   если сообщение = "EXIT" то выйти;
   сообщение2 = прочитать();
   если сообщение2 = "EXIT" то выйти;
   количество_повторений = прочитать_число(сообщение2);
   повторять количество_повторений раз {
     напечатать(сообщение);
   }
}

2. Переводим буквально на C#:

while(true) {
  Console.WriteLine("Введите сообщение");
  var message = Console.ReadLine();
  if (message == "EXIT") {
    return;
  }
  Console.WriteLine("Введите количество повторений");
  var message2 = Console.ReadLine();
  if (message == "EXIT") {
    return;
  }
  var count = int.Parse(message2); // по хорошему, надо бы как-нибудь обработать, если пользователь ввёл не число. В таком виде программа просто упадёт.
  for(var i=0; i<count; i++) {
    Console.WriteLine(message);
  }
}

Нет. r1.GetLength судя по коду возвращает количество строк и столбцов.

GetLength возвращает размерность каждого измерения.
GetLength(0) - размер первого измерения (3)
GetLength(1) - размер второго измерения (тоже три)
Об этом сказано в документации: https://docs.microsoft.com/en-US/dotnet/api/system...

Gets a 32-bit integer that represents the number of elements in the specified dimension of the Array.

i используется для индексирования в рамках первого (0) измерения.
j используется дли индексирования в рамках второго (1) измерения.