Hatifnatt

Администрирование это не только скрипты на баше, а еще и организация процессов. Сугубо практических вещей уже много порекомендовали, добавлю пару книг про организацию.
Т. Лимончелли, К. Хоган и С. Чейлап - Системное и сетевое администрирование. Практическое руководство.
Т. Лимончелли - Тайм-менеджмент для системных администраторов.
И еще одна полезная статья Тест Лимончелли

Недавно на Хабре рекламировали книгу "Внутреннее устройство Linux". Взял электронный вариант, пока прочел пару глав, понравился понятный язык изложения, как новичок так и пользователь Linux с опытом, я думаю, найдут для себя полезную информацию в данной книге. Проверил, купон "Linux" все еще действует.

BackupPC - весьма неплохое решение. Лично у меня бэкапятся только Linux | FreeBSD машины, но с Windows особых проблем быть не должно, разве что могут быть проблемы с сохранением NTFS прав, но этот вопрос я не изучал т.к. для Windows не использовал.
А для Windows использую встроенное в систему средство резервного копирования. Как вариант можно использовать связку из локального архиватора и BackupPC который будет забирать архивы в единое хранилище и отвечать за версионность.

Забирать базы другой машиной, т.е. вторая машина подключается к определенной «шаре» на основном сервере, где лежит текущая база / текущая резервная копия и забирает данные файлы к себе. Таким образом на второй машине имеем архив, допустим ежедневный, а злобный троян не может ничего на второй машине зашифровать т.к. она не выступает в роли сетевого диска.

Могу порекомендовать систему BackupPC (под Linux) достаточно простая в настройке и освоении, вполне справиться с данной задачей, но вообще это можно сделать какой-либо windows программой. Подключите упомянутую выше «шару» ко второй машине и забирайте оттуда файлы любым удобным для вас способом.