Забирать базы другой машиной, т.е. вторая машина подключается к определенной «шаре» на основном сервере, где лежит текущая база / текущая резервная копия и забирает данные файлы к себе. Таким образом на второй машине имеем архив, допустим ежедневный, а злобный троян не может ничего на второй машине зашифровать т.к. она не выступает в роли сетевого диска.
Могу порекомендовать систему BackupPC (под Linux) достаточно простая в настройке и освоении, вполне справиться с данной задачей, но вообще это можно сделать какой-либо windows программой. Подключите упомянутую выше «шару» ко второй машине и забирайте оттуда файлы любым удобным для вас способом.