Как в Magento добавить скрипт?

ну да, пока там стопятьсот скриптов не окажется :-)

Как в Magento добавить скрипт?

Да, где-то там лежит основной шаблон. Должно быть что-то типа /default/template/page/html и там уже footer.phtml и header.phtml, если все канонически сделано.