Лучше всего начать сразу со Spring, не мучайтесь вы с этим EJB и прочим мракобесием от J2EE. Я потратил 5 лет на работу с J2EE и сейчас перешел на платформу Spring, так здесь все просто легковесно и главное работает.

Из J2EE нужно разобраться очень хорошо с Servlets, для понимания возьмите Tomcat.
Также неплохо понять что-такое IoC, loose-coupling.
JBoss или Glassfish очень тяжелые решения и на первых порах будет сложно понять как там всё работает. Поэтому лучше c Tomcat разберитесь, с Servlets, IoC, loose-coupling, на примере Spring. И после этого вам уже ненужен будет JBoss или Glassfish.

На Java удобно писать системы для геторогеннных систем, например можно посмотреть сколько всего есть у java для ESB и SOA. Много пишется под Web, там где нужен баланс между производительностью и поддержкой.