Какая разница из какой системы через консоль к удалённому серверу подключаться, если при работе будете находиться в среде того самого сервера? Ставьте Putty и подключайтесь.
И вообще, ваш вопрос противоречит сам себе. Поставил Linux, но нужен Windows, так как .Net, а поэтому как сделать чтобы Windows был как Linux? Так что у вас за система в итоге?