Примерно никак.
Шифрование диска идет блоками. Соответственно самая малая изменяемая единица данных - это шифрованный блок. Для дисковой системы запись шифрованного блока ничем не будет отличаться от нешифрованного, хоть и размеры могут существенно отличаться. Насколько я помню, самый маленький блок данных - это кластер (классически, его размер устанавливался от 512 байт, до 32 кбайт), в настоящее время такой кластер не может быть меньше 4кбайт. У SSD дисков записываемые блоки больше чем размер кластера ввиду особенности архитектуры. Типичные размеры: 512Кбайт... несколько Мбайт. Могу предположить, что шифрованные блоки будут по размеру в районе SSD-шных записываемых блоков. Тогда никакой разницы нет, что перезаписывать - весь шифрованный блок или весь нешифрованный блок при изменении одного байта данных.