Спасибо, воспользовался советом Сергея Протько и сделал так.
Кусок директивы,

return {
			template: '<ng-include src="getTemplateUrl()"/>',
			scope: {
				message: '=mainMessage',
				typeMessage: '=typeMessage'
			},
			restrict: 'A',
			controller: function($scope) {
				$scope.getTemplateUrl = function() {
					return 'template/common/' + $scope.typeMessage + "-message.tpl.html";
				}
			},
			link: function(scope, element, attrs) {
			}
		}

Может кому-то пригодится. Пол дня чехлов собирал)

Bill Keck - Yii 2 For Beginners 2014 - мне понравилась эта книга.

Виджет правильно генерирует HTML! Чтоб в этом убедиться, находим его в папке vendor, и смотрим что он должен сгенерировать. Если вас что то не устраивает, тут два варианта:
1. Сделать свой виджет customNav, который наследуется(extends) от Nav, и переписать методы (init, run и т.д.).
2. Не использовать данный виджет. Свой требуемый HTML оставляешь как есть, списки меню заполняешь так:

<ul>
<?php foreach( $availableLangs as $lang ) { 
echo '<li>';
echo $lang;
echo '</li>';
}; ?>
</ul>

ps. 'html маркап' - интересно где вы такое словосочетание услышали)