Глядя на исходники понятно, что игра длится ровно один цикл и если игрок не наткнулся на бомбу, нет возможности продолжить игру. Если я все правильно понял, то текущий код можно модифицировать так:
int[] pole = {0,1,2,3,4};
        String[] poleOne = {"A","X","X","X","X"};
        int [] poleOneInt = {0, 0, 0, 0, 0};
        String[] poleTwo = {"B","X","X","X","X"};
        int [] poleTwoInt = {0, 0, 0, 0, 0};
        System.out.println(pole[0] + "  " + pole[1] + "  " + pole[2] + "  " + pole [3] + "  " + pole[4]);
        System.out.println(poleOne[0] + "  " + poleOne[1] + "  " + poleOne[2] + "  " + poleOne[3] + "  " + poleOne[4]);
        System.out.println(poleTwo[0] + "  " + poleTwo[1] + "  " + poleTwo[2] + "  " + poleTwo[3] + "  " + poleTwo[4]);
        Random rbombOne = new Random();
        int bombOne = rbombOne.nextInt(4)+1;
        poleOneInt [bombOne] = bombOne;
        //проверка где бомба, для отладки
        System.out.println("бомба в " + bombOne);
        Random rbombTwo = new Random();
        int bombTwo = rbombTwo.nextInt(4)+1;
        poleTwoInt [bombTwo] = bombTwo;
        //проверка где бомба, для отладки
        System.out.println("бомба в " + bombTwo);
        boolean runs = true;
        while(running) {
            System.out.println("Введите строку в формате А или B: ");
            Scanner sPole = new Scanner(System.in);
            String scanLetter = sPole.next();
            switch (scanLetter) {
                case "A":
                    System.out.println("Введите номер столбца от 1 до 5: ");
                    Scanner sNum = new Scanner(System.in);
                    int scanNum = sNum.nextInt();
                    if (poleOneInt[scanNum] > 0 ){
                        System.out.println("Booooooom! You Lose");
                        runs = false;
                    }
                    poleOne[scanNum] = " ";
                    break;
                case "B":
                    System.out.println("Введите номер столбца от 1 до 5: ");
                    Scanner s2Num = new Scanner(System.in);
                    int scan2Num = s2Num.nextInt();
                    if (poleTwoInt[scan2Num] > 0 ){
                        System.out.println("Booooooom! You Lose");
                        runs = false;
                    }
                    poleTwo[scan2Num] = " ";
                    break;
                default: break;
            }
            System.out.println(pole[0] + "  " + pole[1] + "  " + pole[2] + "  " + pole [3] + "  " + pole[4]);
            System.out.println(poleOne[0] + "  " + poleOne[1] + "  " + poleOne[2] + "  " + poleOne[3] + "  " + poleOne[4]);
            System.out.println(poleTwo[0] + "  " + poleTwo[1] + "  " + poleTwo[2] + "  " + poleTwo[3] + "  " + poleTwo[4]);
        }
Если присмотреться, то мы весь игровой процесс заворачиваем в цикл 
while, который прекратится после того, как переменная 
runs примет значение 
false. В данном конкретном случае runs примет значение false, если игрок введет координаты поля с бомбой. Этот код не оптимален, и не претендует на единственно возможный вариант решения. И в нем не предусмотрен вариант, когда игрок раскроет все поля без бомб, т.е. выиграет. Это уже оставлю на Ваше усмотрение.