Руслан Ганеев

Хороший пост на эту тему

Отличная статья - Разворачивание Linux-дистрибутива с помощью SCCM 2012, то что тебе нужно.

Видимо так линуксоидами и стают

Именно так не становятся.
На ваш вопрос сотни тысяч ответов будет в поисковике. Какие пошли люди интересные ни чего не хотят делать сами, даже сами себе помочь когда на это и усилий не каких не требуется.

Тупо переустановить это не решение проблемы, Ваша проблема не решена! Вы ее обошли.

Понятно, что apache/nginx + php + mysql, но что делать со всем этим дальше?

С начала пойми для чего они, установи а для вопросы сами собой отпадут. На голой теории далеко не уедишь, теория+практика=знания=>работа и опыт.

Apache, MySQL останавливал когда давал права на запись?

Посмотри есть обзор графических интерфейсов все доступно расписано.

Рекомендую прочитать вот это

R-Studio сетевая версия

Программно это не сделать без паяльника.