Сам спросил, сам ответил)
сделал так:
$favorites = WeDevs_Favorite_Posts::init()->get_favorites(); // Получаем посты
$post_ids = wp_list_pluck( $favorites, 'post_id' ); // Собираем в массив с ID
query_posts(array( 'post__not_in' => $post_ids )); // Исключаем из цикла
