Лови,
jQuery(window).scroll(function(){
var $sections = $('section');
$sections.each(function(i,el){
var top = $(el).offset().top-100;
var bottom = top +$(el).height();
var scroll = $(window).scrollTop();
var id = $(el).attr('id');
if( scroll > top && scroll < bottom){
$('.Здесь путь к твоим ссылкам, то бишь тегам а').removeClass('active');
$('.desktop-menu a[href="#'+id+'"], .block-mobile-menu a[href="#'+id+'"]').addClass('active');

}
})
});

$("nav").on("click","a", function (event) {
// исключаем стандартную реакцию браузера
event.preventDefault();

// получем идентификатор блока из атрибута href
var id = $(this).attr('href'),

// находим высоту, на которой расположен блок
top = $(id).offset().top;

// анимируем переход к блоку, время: 800 мс
$('body,html').animate({scrollTop: top}, 800);
});

Главное, чтобы твои айди блоков, и href ссылок были одинаковы