Лови, 
jQuery(window).scroll(function(){
           var $sections = $('section');
  	$sections.each(function(i,el){
          var top  = $(el).offset().top-100;
          var bottom = top +$(el).height();
          var scroll = $(window).scrollTop();
          var id = $(el).attr('id');
      	if( scroll > top && scroll < bottom){
              $('.Здесь путь к твоим ссылкам, то бишь тегам а').removeClass('active');
  			$('.desktop-menu a[href="#'+id+'"], .block-mobile-menu a[href="#'+id+'"]').addClass('active');
          }
      })
   });
  $("nav").on("click","a", function (event) {
      // исключаем стандартную реакцию браузера
      event.preventDefault();
      // получем идентификатор блока из атрибута href
      var id  = $(this).attr('href'),
      // находим высоту, на которой расположен блок
          top = $(id).offset().top;
      // анимируем переход к блоку, время: 800 мс
      $('body,html').animate({scrollTop: top}, 800);
  });
Главное, чтобы твои айди блоков, и href ссылок были одинаковы