Касательно онлайн мониторинга, знаю что Nagios такое могёт, и забикс вроде тоже. Там же и строится обычная карта сети, которую можно потом смотреть в реал-тайме.
Касательно "слоев" не видел такого инструмента, думаю придется самопис делать вам.
Чем вам Visio не угодил?
