Вам нормально ответили на вопрос и в тот раз. Если приложение сложное то есть смысл прятать запросы в репозитории а логику в сервисах что бы разгрузить контроллеры и уйти от дублирования кода.
Да и если оно очень сложное, может лучше Doctrine ORM? Там как раз таки поощряется использование Repository, Services.
