Для этого существуют обмены данными. Если используются для склада управление торговлей, для бухгалтерии бухгалтерия предприятия, то обмен данными можно использовать стандартный из конфигурации. Но чтобы наладить работу нужно для начала привести к единому виду всю номенклатуру так, чтобы какой-либо реквизит у номенклатуры в двух базах был идентичным, например наименование или код. Поскольку склад и бухгалтерия никогда об этом не заботились скорее всего потребуется большой ручной труд по заполнению первоначальных данных.
Либо другой вариант перевести всех с УТ+БП на комплексную автоматизацию, тогда склад и бухгалтерия будут работать в одной базе, имея функционал и бухгалтерии и склада.
Если управление торговлей хоть мало мальски серьезно используется, то перевод всех на бухгалтерию скорее всего будет нежелателен