Flaker

В винде: ПКМ на Мой Комьютер -> Свойства -> Дополнительные параметры системы -> Переменные среды.

Можно не переписывать бинарник, можно, как сказал @TrueBers, через "Ольку"(ollydbg) или через IDA найти адрес памяти, в которой хранится IP сервера, а дальше, после/вовремя запуска бинарника инъектить на это место свои данные (свой IP).

В идеале, если ты действительно хочешь программировать, вот так было бы хорошо:

1) Assembler - не обязательно изучать досконально, стоит освоить базу, для того, что-бы понимать как устроена память, что есть байт, что есть DWORD, что такое "массив" в представлении комьютера ну и так-далее.
2) C++ (Имхо, нет смысла отдельно учить C, а затем C++)
2.5) Если действительно увлекся С++, то начинаем изучать boost, Qt попутно.
3) C# - Стоит поглядеть просто
4) PHP, JS

Дальше по обстоятельствам.

Ты можешь делать так index.php?array[1]=1&array[2]=2&array[3]=3, без rewrite в htaccess, тогда в массиве $_GET, по ключу array, у тебя будет лежать массив "1, 2, 3".

Не совсем понимаю, зачем тебе rewrit'ы понадобились.
Обычно, их используют для организации ЧПУ.

Допустим:
RewriteRule ^(.+)$ index.php?route=$1 [L,QSA]
В данном случае все что будет после site.ru/, будет переправлено на index.php как GET запрос. В массиве $_GET эта строка будет лежать по ключу route.
То есть, для того, что бы сделать из массив, придется парсить эту строку (Собственно, чем и занимается routing в паттерне MVC).

Грубо говоря, можно сделать так:

$route = $_GET['route'];
$array = preg_split('/\//', $route);

Теперь, при таком запросе "site.ru/1/2/3" в $array будут лежать элементы "1, 2, 3".

Вообще, нормальный rewrite пишется так:

# Activates URL rewriting
RewriteEngine on

# Allow file access
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d

# Rewrite rules
RewriteRule ^(.+)$ index.php?route=$1 [L,QSA]

Тут учитывается доступ к файлам напрямую.