Fixid

supervisor

Вы не правильно понимаете как работает timeit.timeit.
Для измерения времени работы кода надо передать его внутрь timeit.timeit.
Просто внимательно прочитайте.

Альтернатива:

import time
start_time = time.time()
--- измеряемый код  ----
print("--- %s seconds ---" % (time.time() - start_time))

Нет. Надо искать дополнительные средства уточнения

Шифровать флешку. А лучше вобще не хранить код на ней.
Python скрипты очень сложно надежно спрятать.
Максимум что можно сделать, так использовать cython + .pyd

supervisor

Имеет смысл только если каждый поток почти не потребляет ресурсы и вы хотите утилизировать весь CPU

flask

Ваш код работает правильно.
Ибо в последовательности
str=str.replace('a', 'c')
str=str.replace('c', 'e')
str=str.replace('e', 'g')
str=str.replace('g', 'i')
str=str.replace('i', 'k')
.......
str=str.replace('z', 'b')
Любая не а станет b

В данном случае будет логичнее представить str как итерируемый объект. Т.е. в цикле обойти каждую букву отдельно. И отдельно применить правило замены. Ну а как убрать кучу replace вам лучше додуматься самому, все достаточно просто

Если нужно просто и не особо вникая, то Flask или SimpleHTTPServer

Если надо только разложить на кадры, то ffmpeg сделает быстро и бесплатно.
Нет смысла делать разбор внутри python, делайте системный вызов

используйте supervisor
Автоперезапуск + логи консоли

import psutil

def find_process_pid(process_name):
    for process in psutil.process_iter():
        if process.name() == process_name:
            return process.pid

Owncloud в помощь