Fixid

Никогда не меняйте права и пользователя на корень ( / )
Для изоляции придумали chroot

listoffreeware.com/list-of-best-free-xml-to-csv-co...

Сдавать в магазин по гарантии. Наиболее вероятно что SSD перешел в режим read only. Сделайте резервную копию

Так у вас почему то 4 Primary раздела, что странно. Покажите диспетчер дисков из win7
По идее у вас должен быть один первичный для Win7 + 3 расширенных для него же.

Ubuntu тоже хочет себе первичный раздел, вот только в MBR их может быть только 4 и сколько угодно расширенных.

Примерно год назад они говорили про совместимость с Debian системами. На RH у меня ничего не запускается. Просто поставил SteamOS

Не надо было форматировать раздел UEFI, текущий просто ничего не знает о старом UEFI (он был затерт старым GRUB при установке)
Сейчас есть несколько вариантов, но самым муторным и надежным будет восстановить UEFI (минт перестанет загружаться) и переустановить GRUB. Он подцепит новый UEFI и перезапишет его

остановить сервис работающий на 443 порту

Побуду кэпом, тормозит apache2
Что в access/error логах? Возможно получился DDoS вместо поиска уязвимостей ботом.
Сколько не 200х ответов за последние сутки?

На всякий случай покажите iotop, htop по F5 с апачем

4pda или xda, там есть все маны. Это строго индивидуальная процедура для каждого аппарата

смотрите все файлы в /var/log/

0 */12 * * * sudo -u root /var/www/...