Laravel с версии 5.6 дает возможность использовать Dynamic Rate Limiting, с его помощью можно вешать лимиты на юзера.
Дальше мое предположение. Если переопределить какой-нибудь там класс, то можно троттлить только 4хх запросы, а остальные оставить без ограничений.
Инфу смотрел тут https://www.cloudways.com/blog/laravel-and-api-rat...