для подобных вопросов есть официальный форум, там даже русскоязычная ветка есть.
1) по поводу маршрутизации - нет. Маршруты по сути являются биндингом конкретного урла к конкретному экшену, лепите их как хотите, все можно разрулить в коде. То что в документации и всюду примеру ущербные, это проблема сообщества.
2) Как хотите, можете настроить свои шаблоны для gii и генерить чисто под себя все, можете сгенерить и перепиливать, можете вообще не пользоваться.
3) идите в класс cwebapplication и смотрите. Архитектуры там как таковой и нету, все просто как два пальца. Если хотите понять архитектуру снизу, смотрите код фреймворка.