для доступа к ФС свой
Нет, для доступа к ФC используйте именованные волумы (named volumes). Контейнеры (data-only) для этог оне нужны.
Между собой без проблем, а как отправить это дело на рабочий сервер, не ручками?
docker registry, либо используем платный либо ставим у себя и там храним образы. То есть если кто-то решил обновиться до php7.0 мы должны заменить базовый контейнер, проверить что все работает, запушить... а у всх все подтянется.
Что делать, как обновлять к примеру базу данных миграциями, чтобы продакт получал готовую базу и сырцы движка сайта? Есть подозрения, что это к докеру не имеет отношения.
Именно, никакого отношения к докеру. Я обычно миграции накатываю прямо при старте контейнера. Так надежнее.
Может кто поделиться ссылочкой на статью
На статью - нет, их много. Могу поделиться тем как я использую docker на своих проектах. Там описан процесс сборки и деплоя в крадце. В идеале сборкой и деплоем должен заведовать CI-сервер а не руками локально:
https://github.com/intellectsoft-uk/symfony-skeleton