Пишите свой плагин, с блэкджеком и т.д. который будет брать все файлы из стрима и делать аглификацию (можете взять за основу gulp-uglify). uglifyjs по умолчанию конкатенирует все файлы, иначе в подобной оптимизации нету особо смысла.
Ну и еще как вариант - разворачиваем глоб и получаем список файлов, формируем массив стримов и к каждому применяем uglify. По сути то же самое что при варианте с плагином но без плагина.