Мне представляется это так:
редактируйте через админку текстовый файл с правилами для крона, потом делайте что-нибудь типа:
exec('crontab /path/to/file/crontab.txt');
Единственное у вас php должен запускать от имени того же пользователя, что и скрипты в кроне.
