Какой алгоритм / фишки / способы чистки кода в больших проектах вы порекомендуете?

Может и есть
Для начала надо узнать что ты имеешь в виду под "чистокой кода"
разные люди могут это понимать совершенно по-разному.
может быть для тебя это замена двойных кавычек на одинарные.

Как организовать логику?

Слава богу, определились. Таблица у нас есь
Как в неё добавлять записи, написано по ссылке в комментариях
или ещё примерно в миллионе других руководств

Как организовать логику?

- Логика создания таблицы "выносится", как это всегда делается, в миграцию.
- Это я давно сделал
- Но как сохранить данные в смежной таблице при создании одной из таблиц

Чувак, ты определись.
Или ты "давно создал таблицу" или ты совсем не понимаешь что делаешь.

Какой кешер для php лучше? Как выбрать?

Если совсем методом тыка, то попробуй увеличить innodb_buffer_pool_size

Но вообще надо конкретно разбираться. И это тоже не так что спросил на форуме, сказали какую кнопку нажать, и всё залетало

Какой кешер для php лучше? Как выбрать?

проблема только в том, что "кэшер" - это не то что ты думаешь.
Это не волшебная палочка, которую воткнул в код и бумц - всё залетало

Небольшой лаг с PDO php?

тебя никогда не учили переносить код на следующую строку, если он не влезает в экран?

Какой кешер для php лучше? Как выбрать?

может быть что угодно
начинать надо с индексов

Какой кешер для php лучше? Как выбрать?

База сжирает весь процессор.

вот это и надо в вопросе писать
а не свои беспомощные рассуждения на тему какую бы бессмысленныю пепяку на сайт присобачить, про которую ты где-то краем уха слышал

Вроде нормально оно настроено.

Тебя нагло обманули.

Тебе надо разобраться во-первых, с кривым похапе кодом, который грузит базу,
а во-вторых - с настройками базы.

Для этого надо сначала разобраться, что именно грузит базу

Какой кешер для php лучше? Как выбрать?

ПРИ ЧЕМ ЗДЕСЬ КОД? При чем здесь яндекс?
100 тыщ хитов для такого железа - это вообще ни о чем.

Сайт работает? Ничего не тормозит? Зачем тебе тогда кэш?

База данных для корзины?

тебе лучше да

База данных для корзины?

сначала селект с такими же значениями
если он нашел что-то - то апдейт, если нет - то инсерт

База данных для корзины?

запомни раз и навсегда:
в базе данных, то как строки показываются, вообще никогда не зависит от того, как они добавляются

Как достать последний запись из mysql?

"последний запись" - это запись с максимальным id, а не parent_id

тебе надо разобраться с тем что тебе нужно

Как правильно сделать обход массива в foreach для создания таблицы (php)?

откуда массивы?

Как на php5.6 узнать что был кинут exception вне try catch?

inFureal, спасибо, поправил

Почему mysql не записывает данные если есть хоть одно одинаковое данное?

Азат Киберов, нет, разумеется не защищён, а наоборот открыт всем инъекциям на свете.

Почему mysql не записывает данные если есть хоть одно одинаковое данное?

Азат Киберов, это я не тебе писал

Почему у php и mysql разное время?

У меня дома двое часов, одни показывают время по Москве, а вторые по Гринвичу. Как же так, ведь они в одной квартире находятся?

Почему mysql не записывает данные если есть хоть одно одинаковое данное?

Стыд. Это вызывает стыд.
Когда ты видишь на сайте текст ошибки запроса, это вызывает стыд за программиста и говорит о его профнепригодности.

Поэтому никогда не надо советовать писать or die("Ошибка " . mysqli_error($link));?

Почему mysql не записывает данные если есть хоть одно одинаковое данное?

Spartak (Web-StyleStudio), посмотри ещё раз на то что я написал. к инъекциям это не имеет отношения.