vpn до маршрутизатора (структуру сети на авторизацию можно миксовать), а потом rdp до винды и ssh до никса.

Сначала эникеить - причем обязательно. Потом админом на посылки к более опытным товарищам, а потом все само собой пойдет) и станет работой. Главное не в ущерб учебе, а то еще хуже сделаете - теоретические знания очень важны.

/news/1 - это так называемые "чистые" ссылки, человеку их удобней читать и воспринимать.
Я думаю вам лучше их разобрать, а не вводить GET запросы за место них.
Если вы работаете в cms, то там уже есть готовые инструменты для переключения и работы с ними. Погуглите или спросите у Алисы)

Скорей всего удалять нечего - нет объекта, или тот объект с которого вы хотите удалить класс не поддерживает данный метод. Смотрите объект console.log(obj) перед obj.removeClass('.class')

Notice это не ошибка, это предупреждение. В php не обязательно объявлять переменную перед использованием, но это просто является хорошим тоном и может упростить отладку кода в дальнейшем.
А вообще прочтите вот это php.net/manual/ru/function.error-reporting.php