FacedSID

.htaccess

RewriteEngine On
RewriteBase /

RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d

RewriteRule .* index.php

index.php

$requestedString = explode('?', getenv('REQUEST_URI'));
$requestedString = $requestedString[0];

Ну и тут уже манипулируй как хочешь. Любой уровень вложенности. Используй любые маски и регулярки для получения нужных тебе данных.

Если PHP в режиме mod_php, то файл кешируются. После изменения файла ничего не произойдет до тех пор, пока не закончится время жизни кешированного файла. Скажем так TTL для кеша стоит 5 минут, если вы выполнили файл, он закешировался, потом внесли изменения, то эти изменения вступят в силу только через 5 минут (с момента выполнения файла). Можно принудительно чистить хранилище.

Можно попробовать посмотреть в сторону ModRewrite. Создаете один VritualHost:

<VirtualHost 1.2.3.4:56 >
  ServerName site.ru
  ServerAlias *.site.ru
  DocumentRoot /var/www/user/data/www/site.ru/router/
</VirtualHost>

В site.ru/router/ лежит .htaccess с прописанными правилами перенаправления. На сколько сложной структура этого файла может получиться я не могу сказать, но работать во всяком случае должно.