Нагружать сервер будет сама задача которая будет выполняться. Если скрипт выполняется быстро и почти не потребляет ресурсов, то хоть каждую минуту его запускай. Проще говоря, всё зависит от конкретной задачи. Скажем если у нас php скрипт и мы знаем, что он быстрее чем за 2-3 мин. свою работу не закончит, то запуск каждую минуту может привести к не очень хорошему результату.