.bashrc отрабатывает только когда вы логинитесь в системе или по ssh или в консоли. Если логиниться в графике, то он может и не сработать. В этом случае локаль выбирается в списке локалей при самом логине и указывается в зависимости от типа логин-менеджера.
Ну а общая локаль для всей системы настраивается в /etc/default/locale и dpkg-reconfigure locales
В общем случае всё важное только в home. На случай обновления ядра - лучше не удалять старое ядро пару недель, что бы на случай каких либо проблем можно было загрузиться со старым ядром.
