EugeneNail

Описание вопроса не дает никакой конкретики, поэтому буду отталкиваться от способа управления элементами.

Скорее всего, инпут вылезает за пределы контейнера из-за того, что внутренние отступы контейнера сделаны не через padding контейнера, а через margin инпута

Вместо работы с непосредственно границами рекомендую смотреть в сторону псевдо-элементов.
1) Наложите каждый из элементов списка друг на друга через margin-top: -2px;
2) Пропишите только боковые границы, а в качестве верхней и нижней используйте псевдоэлементы ::before и ::after.
3) При наведении на основной элемент перемещайте эти псевдоэлементы вверх по z-index и меняйте им цвет.