Bootstrap тут не причём, скорее всего.
Я бы на Вашем месте попробовал отключить js библиотеки связанные со скроллом:
<script src="js/jquery.nicescroll.min.js" type="text/javascript"></script>
<script src="js/jquery.scrolly.js" type="text/javascript"></script>
После посмотреть - ушла ли проблема.
Если уйдёт: отключить эти скрипты для мобильных устройств с помощью того же JS.
