Заменить точки кругами (радиус выбирать по вкусу): ввести дополнительную плоскость, на которой рисовать круги. Круги рисовать не цветом, а счётчиком — если зона накрыта 1 раз, то вписать «1», если 2 раза, то «2».
Это почти что «размазать точки графическим фильтром».
А потом с дополнительной плоскости снимать готовые результаты в виде ячеек с максимальным числом перекрытий. Или детекцией краёв изображения по определённой яркости, если рассуждать в терминах графических алгоритмов.