Пишите под AIR. Он и на мобильных, и на десктопе. Для десктопа можно сделать установочный файл. Плюс без проблем можно будет использовать готовый код на AS3.
Что касается мобильных платформ. Если речь идёт именно о приложении, а не о сайте с интерактивом, то вопрос о мобильных браузерах неактуален. AIR-приложения для смартфонов — это полноценные приложения, которые можно спокойно распространять через магазины приложений.
Flex — это фреймвор для разработки интерфейсов на AS3. Очень мощная штука. Но для AIR-приложений можно писать и на чистом AS3.