Я бы, пожалуй, не парился и просто проверял наличие в конце строки \r, и, если он присутствует, то удалял бы его через .erase().

Или еще лучше просто сконвертировал бы весь файл.

Купите Кормена, не пожалеете.
www.ozon.ru/context/detail/id/2429691/

Полагаю, для этого и нанимают отдельных людей, которые пишут исключительно тесты.