У нас тоже на работе стояла задача найти программу для контроля новых сотрудников. Программа, конечно, должна работать в скрытом режиме. Понятно, важно было и подключаться откуда угодно, не обращая внимания на NAT. Рассматривали несколько вариантов, остановились на Ammyy Admin. За NAT подключается, есть высокий уровень шифрования. Если установить как службу, то пользователь ничего не заметит