Elesey

Тут отличная подборка систем учета рабочего времени: https://software-audit.ru/, у некоторых есть бесплатные версии.

При проекторной работе, на начальном этапе идет оценка трудозатрат. Если все не успевают укладываться то нужно вводить дополнительные коэффициенты.
У на в компании это делают через трекинг задач, путем интеграции c Jirа, это позволит вести точный учет времени по задачам. Затем идет процесс согласования трудозатрат с согласующими.
Тут отличная подборка систем учета рабочего времени с трекерами: https://software-audit.ru/

Тут проблема действительно сложнее просто контроля. Но если речь про то, как контролировать, то можно использовать специализированные программы, позволяющие вести трекинг-задач и тогда вы получите полный спектр информации: сколько прогер тратит времени на те или иные задачи, где у него слабые и сильные стороны. Вот неплохой обзор по системам учета рабочего времени: https://software-audit.ru/

Для текущей задачи идеально подойдёт программное обеспечение по учету времени сотрудников с функцией трекинга задач.
Обзор лучших российских систем учета рабочего времени https://software-audit.ru/