Тут проблема действительно сложнее просто контроля. Но если речь про то, как контролировать, то можно использовать специализированные программы, позволяющие вести трекинг-задач и тогда вы получите полный спектр информации: сколько прогер тратит времени на те или иные задачи, где у него слабые и сильные стороны. Вот неплохой обзор по системам учета рабочего времени: https://software-audit.ru/