В случае, когда нужен кроссплатформенный инсталятор, сам являющийся jar файлом — можно использовать
IzPack. Естественно, что лучше использовать «родные» для каждой ОС инсталяторы, но в случае когда требуется «сделать побыстрому» — IzPack удобен.
Также есть удобный
Excelsior Installer? представляющий собой wizard для NSIS.
Приходилось пользоваться по работе и тем и другим.
