Александр Пикеев, больше склоняюсь по вашему описанию к аппаратной части, возможно к переходникам или к шнурам. Но проблема только с окнами проводника, и если с другими окнами нет проблем, то точно с виндой что-то.
Станислав, ну а если вам потребуются ресурсы домашнего сервера, когда там будут проходить вычисления? Даже домашний хороший сервер не дешевое удовольствие. Я это к чему... если вам не на постоянку такая нагрузка, то лучше арендовать что-то.
Интересно для чего вы используете такие большие выгрузки? Для учебы явно нет, а если для работы какой понт на это тратить деньги?
Сначала пробуйте без сервера оптимизировать работу. Очищайте временные таблицы, перестройте индексы, перепишите свои запросы и тд. Либо смотрите в сторону колонко-ориентированная архитектур, там поиск куда быстрее привычных бд.