1. Nginx никогда не умел, не умеет и не будет уметь работать с файлами .htaccess
2. httpd stop не факт что остановит ваш апач.
3. суть вопроса вообще не понятна. попробуйте задать его еще раз.
У вас каша в голове судя по вопросу. Апач кстати тоже умеет статику раздавать, и умел он это задолго до появления nginx. А чтобы ответить на ваш вопрос нужно просмореть конфиги и nginx и apache.
