Видит ли провайдер что передается по домашней сети по FTP?

AlmostBatman, Согласен.
Провайдеру незачем следить.
Это уже делает Алиса в каждом доме.

Недоступен Mikrotik. Странности в winbox при подключении, может кто сталкивался?

Interfaces -- Interface List
Создаем Лист например SERVCICES в котором указываем, что в него входит.

Tools -- MAC Server
Задаем лист

Доступ будет только у моего ПК (Main) подключенного по SFP к микротику.
Можно сделать LAN и запихать в него бридж или некоторые порты.

Как связать две сети Mikrotik?

Только Линукс и подобные понимают VLAN. Windows нет.