Летснкрипт не выдаст Вам новые сертификаты, если предыдущие только только были активированы
Искать как обычно, в папке /etc/letsencrypt
А собственно зачем они Вам понадобились? по идее 3x-ui должен был их автоматом примонтировать к себе
После слов nginx на винде - можно не читать дальше)))
А вообще - проверьте путь до сертификатов. Возможно его надо указать полностью
Возможно в кавычких, если там пробелы, но не уверен
У Вас путь указан так, как будто он в линукс пишется