Проблема не в клиентах. Проблема с вашим провайдером или сервером FTP. Если Вы за NATom (судя по всему), то на сервере должен быть нормально работающий пассивный режим, иначе беда будет.
Протокол обычный FTP или sFTP какой нить? Какой провайдер? С винды до этих же серверов с того же инета(из дома) есть обрывы и такие проблемы?